ЈЗУ Универзитетска клиника за гастроентерохепатологија е составена од управа која менаџира со клиниката, седум оддели со вкупно деветнаесет отсеци за вршење на медицинската дејност, една служба организирана во три сектори  за извршување на административните работи.